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Failed to Extract Layer

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FATA[0006] failed to extract layer sha256:d2d4d2c16a00dd998866a33049d4a1801ba34b719f377ffdf3ec7ae78c9b03eb: lstat /var/lib/containerd/io.containerd.snapshotter.v1.overlayfs/snapshots/566/fs/var/cache/dnf/update-e8b0d229956b0b0b: not a directory: unknown

Dockerfile

FROM registry.example.com/openeuler:22.03-lts-sp2

WORKDIR /app

RUN mkdir -p /etc/nginx/html/foo/

RUN rm -rf /var/cache/dnf/*
RUN sed -i 's|http://repo.openeuler.org/|https://mirrors.huaweicloud.com/openeuler/|g' /etc/yum.repos.d/openEuler.repo && yum clean all -y && dnf clean all -y
RUN yum update -y && yum install -y nginx libXau

RUN mkdir -p /etc/nginx/html/foo/

COPY dist /etc/nginx/html/foo

使用 nerdctl（基于 containerd）时报错，而 docker 没问题，通常是因为 Docker 和 containerd 处理文件系统（snapshotter）方式不同。

1. 主要区别：overlayfs 处理方式不同

  • Docker 默认使用 overlay2 作为存储驱动，对 rm -rf 的兼容性较好。
  • containerd（nerdctl）默认使用 overlayfs 作为 snapshotter，在某些情况下，rm -rf 可能会破坏 dnf 依赖的目录结构，导致 lstat 失败。

影响：

  • dnf 可能在 /var/cache/dnf/update-* 目录创建了符号链接或特殊 inode，直接 rm -rf 可能会让 containerd 误认为 某个目录已损坏或变成非法文件。
  • Docker 的 overlay2 可能对这个情况做了额外的处理，所以不会报错。

containerd 的 overlayfs 可能会在某些情况下导致 lstat 失败，表现为：

lstat /var/lib/containerd/io.containerd.snapshotter.v1.overlayfs/snapshots/XXX/fs/var/cache/dnf/update-*: not a directory: unknown

2. 解决方案

方法 1：避免 rm -rf /var/cache/dnf/*

把 rm -rf /var/cache/dnf/* 替换为官方推荐的 dnf clean all：

RUN dnf clean all

或者：

RUN yum clean all -y && rm -rf /var/cache/dnf

dnf clean all 会正确清理缓存文件，而不会误删关键目录。

方法 2：强制 containerd 使用 overlay2

如果你的 containerd 运行时允许，你可以尝试强制使用 overlay2 作为 snapshotter：

sudo systemctl stop containerd
sudo sed -i 's/overlayfs/overlay2/' /etc/containerd/config.toml
sudo systemctl restart containerd

然后重新构建镜像：


nerdctl build -t my-nginx-image .

WARNING

overlay2 可能并不是所有 containerd 版本的默认选项，请检查 containerd config.toml 是否支持。

方法 3：使用 devicemapper 作为 snapshotter

如果 overlay2 方案不可行，可以改用 devicemapper：

sudo sed -i 's/overlayfs/devmapper/' /etc/containerd/config.toml
sudo systemctl restart containerd

3. 结论

  • Docker（overlay2）可以容忍 rm -rf 误删目录，但 containerd（overlayfs）可能不行。
  • 最好的做法是避免 rm -rf /var/cache/dnf/*，用 dnf clean all 替代。
  • 如果你必须用 rm -rf，可以尝试改用 overlay2 或 devicemapper 作为 containerd 的 snapshotter。
  • 在 containerd 中，dnf 运行时可能会依赖 /var/cache/dnf/ 结构，删除后会导致 lstat 失败。

建议你先尝试 方法 1（改用 dnf clean all），如果仍然有问题，再考虑切换 snapshotter（方法 2 或 3）。

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